乗鞍岳には火山の活動により形成された火口湖や溶岩流の堰止湖、通年で雪が消えない氷食湖など、7つの湖があります。
〇権現池（ごんげんいけ）
剣ヶ峰（権現岳）から流れる火口のやや南寄りに湛水した火口湖で、標高2,845ｍに位置しており、日本で2番目に高い場所にある湖沼です。
〇亀ヶ池（かめがいけ）
恵比須岳と魔王岳とのほぼ中央にある火口湖です。標高2,664ｍで、渇水期には南北二つの小池に分かれます。
〇鶴ヶ池（つるがいけ）
かつては乗鞍湖沼群のうち最も大きい円形の火口原湖でしたが、大黒岳の斜面から土砂が流れ込んでS字型の小さな湖面となりました。標高は2,694ｍで、豊水期には湖面の面積が広がり、その形がツルに似ていることからこの名があります。
〇不消ヶ池（きえずがいけ）
摩利支天火山帯の火口湖で、乗鞍岳ではただ一つの氷食湖で、標高2,733ｍです。不消ヶ池の名前の由来は、火口壁の北側が開いているため北風に乗った雪が火口壁に囲まれた凹地に吹き溜まり、その雪が年中消えないことから名付けられました。
〇五ノ池（ごのいけ）
里見岳の南麓にある堰止湖です。室堂ヶ原を源とする赤川の一源流が、一ノ池火山帯の第五溶岩によってせき止められてできた池で、五つの池が数珠玉のようにつながっています。
〇大丹生池（おおにゅういけ）
桔梗ヶ原の西側直下にある堰止湖で、標高約2,337ｍに位置しています。樹林帯の中にあるのもこの湖の特徴です。
〇土樋ヶ池（つちどよのいけ）
烏帽子岳の西にある溶岩流による堰止湖です。